Le jeu commence alors… vous êtes un étudiant de 17 ans originaire de la BGU (Balamb Garden University). C'est une école servant à former des mercenaires nommés, plus précisément, des Seeds. Elle est ouverte à tous de 5 ans à 20 ans quelque soit sa qualification (mis à part le fait de changer d'école ou d'avoir été renvoyé), il est par contre possible de rester à la BGU après ses 20 ans à condition d'y travailler. Les armes utilisées sont principalement des Invocations nommées les G-Force (Gardian Force), mais il est donné à chacun d'avoir l'arme qui lui convient.