Deux années se sont écoulées depuis la disparition de Sin...
Après avoir vaincu Sin et être devenue Grand Invokeur, Yuna est restée sur l'île de Besaid, sa patrie d'enfance. Les jours y défilent avec une certaine monotonie. N'est-ce pas le bonheur simple auquel elle aspirait tant ? Yuna a pourtant le sentiment que quelque chose lui manque. Un jour, Rikku, son ancien gardien, vient sur l'île de Besaid pour lui montrer une mémosphère. L'enregistrement est de lui. Ou peut-être pas... Yuna n'arrive pas à déterminer s'il s'agit bien de lui ou d'une personne qui lui ressemble.
"Partons à la recherche d'autres indices !" s'exclame Rikku.

Si c'est bien lui, Yuna aura peut-être une chance de le revoir. Sinon, elle pourra lui dire adieu à jamais. Quoi qu'il en soit, les réponses à ses doutes pourraient bouleverser toute son existence.

Yuna décide de partir pour un nouveau voyage.