L'histoire nous transporte dans un monde nommé Spira, une planète engloutie par les eaux. Autrefois ce monde connut une avancée technologique sans précédent, mais un jour, une force inconnue, Sin (notamment représenté sur le logo, combattant Yuna) dévaste tout sur son passage, ne laissant derrière lui que ruines et destruction. Depuis ce jour, la majorité de la population adopta la religion Yevon. Cette dernière inculque les dangers de la technologie et ne recommande son utilisation que dans des cas extrêmes. Un millénaire s'est écoulé depuis ce jour, et le monde vit dans la crainte de la technologie et de la prochaine attaque de Sin…

Vous incarnez Tidus, un jeune joueur de Blitzball, très doué par ailleurs. Débordant d'énergie et très joyeux, il fera rapidement la rencontre de Yuna, le personnage principal autour duquel le scénario repose. Celle-ci est une Invokeur, ce qui n'est guère étonnant étant donné que son père, Braska, fut un célèbre sorcier. Hantée par d'étranges rêves, pour ne pas dire des cauchemars, elle cherche à les comprendre et pour cela part à la recherche de Sin dans le but de le vaincre. Pour ce faire, elle souhaite se rendre dans les différents temples de la religion Yevon, afin d'y acquérir les Chimères. Ces dernières sont de puissants " esprits ", disposant d'incroyables pouvoirs. C'est en réunissant leur puissance qu'elle pourra invoquer l'Ultime Chimère, la seule capable de vaincre Sin. Ce voyage à travers le monde sera également l'occasion d'acquérir expérience, savoir et sagesse.